我國的制藥工業分為化學藥品原料藥制造、化學藥品制劑制造、中藥飲片加工、中成藥生產、獸用藥品制造、生物藥品制造和衛生材料及醫藥用品制造幾個子行業。在這些子行業中，污染負荷量大的是化學藥品原料藥生產，約占全行業的80%。

　　化學原料藥生產一般都是投入產出比大，產品產出率低，污染物產生量較大；產生的污染物的種類、特性與數量，與生產品種所需原輔料、工藝過程、工藝條件、產出物及管理水平的直接相關。其特點是污染物種類多、單類數量少、具有生物毒性、濃度高、排放基本無規律、不連續不均衡、難進行生化處理。高濃度廢水治理一直是困擾化學原料藥生產發展的難題。

　　化學原料藥的廢水來源包括車間工藝用水、設備管線清場清洗廢水、藥物提取或精制工序固液分離產生的廢水、車間員工清潔用水及廠區生活廢水等。同時，廢水來源還包括鍋爐排污水、外排的冷卻水等。在企業的廢水中，廢水中則溶入了生產過程中使用的全部物料成分，其中包括藥物中間體、未知物和目標物（殘留的產品）；還包括廢水在混合有氧與缺氧條件下的新產物。

　　目前國內大部分城鎮污水處理廠對制藥工業廢水的納水要求為COD≤300mg/L，即使這樣，仍有部分化學合成類、發酵類制藥企業達不到要求，化學合成類比例高達46%，發酵類為16%。

　　化學原料藥生產廢水處理難度大的另一個原因就是企業根據市場需求經常調整產品與產量，新生產狀況產生的污染負荷與原處理設施的生物系統、運行參數發生沖突，往往會造成一段時間的不達標的問題。因此，不同產品、不同工藝、不同生產裝備、不同管理水平產污量大不相同，不同的企業不能用類同的治理技術與工藝治理。